Το νησί Σάμος βρίσκεται στο ανατολικό Αιγαίο σε μικρή απόσταση (~2.35χλμ.) από τη μικρασιατική ακτή. Η αρχαία πόλη της Σάμου βρισκόταν στη θέση του σημερινού χωριού Πυθαγόρειο (Τηγάνι) στην ΝΑ πλευρά του νησιού. Κοντά στο λιμάνι εκτείνεται η ελληνιστική πόλη ενώ στην πλαγιά υπάρχουν τα κατάλοιπα θεάτρου. Η ρωμαϊκή πόλη βρίσκεται ΝΔ. Σε μικρή απόσταση 6 χλμ. δυτικά της πόλης βρίσκεται το μεγάλο Ιερό της Ήρας, όπου φυλασσόταν το ξύλινο ανεικονικό ξόανο της θεάς και γιορταζόταν ο γάμος της με το Δία.
Το λιμάνι της πόλης βρίσκεται σε καλά προφυλαγμένο όρμο ανάμεσα στο Κάστρο και τους πρόποδες του βουνού Άμπελος. Εντοπίζεται στο ανατολικό άκρο της αρχαίας πόλης και ανήκει στον τύπο του κλειστού λιμένα, ο οποίος διαμορφώνεται από την προέκταση των χερσαίων τειχών στην θάλασσα.
Η πρώτη κατοίκηση του νησιού τοποθετείται χρονικά ήδη στην 4η χιλιετία μάλλον από λαούς της Ανατολίας, ενώ από τις αρχές της 1ης χιλιετίας εποικίζεται από Ίωνες. Υπήρξε από τις πρώτες Ελληνικές πόλεις που, εκμεταλλευόμενη την προνομιακή γεωγραφική της θέση - κοντά στις Κυκλάδες και πάνω στο θαλάσσιο δρόμο των πλοίων προς και από την Ιωνία, ανέπτυξαν ένα ευρύ δίκτυο επικοινωνίας και εμπορικών ανταλλαγών τόσο με τη Μεσόγειο όσο και με κέντρα της Ανατολής όπως την Κύπρο, την Αίγυπτο, τη Συρία κ.α.
Το νησί γνώρισε τη μεγαλύτερη άνθιση κάτω από τη διακυβέρνηση του τυράννου Πολυκράτη στο β΄ μισό του 6ου αι. π.Χ. Κατά την περίοδο αυτή τίθεται σε εφαρμογή ένα εκτεταμένο οικοδομικό πρόγραμμα που περιλαμβάνει δημόσια, αμυντικά καθώς και τεχνικά έργα, τα οποία συγκαταλέγονται στα μεγαλύτερα τεχνικά επιτεύγματα του αρχαίου κόσμου, την σήραγγα ύδρευσης του Ευπαλίνου από τα Μέγαρα και τον κυματοθραύστη του λιμανιού. Με την ναυπήγηση ισχυρού στόλου, από πεντηκοντόρους και τριήρεις, η Σάμος αναδεικνύεται σε μεγάλη ναυτική δύναμη, η οποία αναλάμβανε κάποιες φορές ακόμα και πειρατική δράση εναντίον των άλλων πόλεων. Ήδη από τις αρχές του 6ου αι. π.Χ. το νησί είναι ένα από τα πιο σημαντικά καλλιτεχνικά και πνευματικά κέντρα του ελληνικού χώρου.
Το νησί χάνει μέρος της αίγλης του κατά την κλασική περίοδο και γίνεται το 365 π.Χ. (μετά την εμπλοκή της στα Μηδικά και τον Πελοποννησιακό Πόλεμο) Αθηναϊκή αποικία. Κατά την Ελληνιστική περίοδο γνωρίζει νέα άνθιση. Η πόλη και το λιμάνι τειχίζονται σε μεγαλύτερη έκταση με τείχος περιμέτρου 6.220 χλμ. (τα τείχη με τις μεταγενέστερες προσθήκες σώζονται μέχρι σήμερα). Από το 190-129 π.Χ. περνά στην κυριαρχία της Περγάμου. Στα Ρωμαϊκά χρόνια αποτελεί τμήμα της ρωμαϊκής επαρχίας της Ασίας, ενώ έχουν βρεθεί αρχαιολογικά κατάλοιπα που μαρτυρούν ότι ήταν αξιόλογη πόλη και κατά τα παλαιοχριστιανικά χρόνια.
Ο σημαντικός ρόλος που διαδραμάτισε ο Πολυκράτης στην βελτίωση των τεχνικών λιμενικών έργων και την προαγωγή της ναυπηγικής αντανακλάται στις αναφορές του Ηροδότου (ΙΙΙ 39): «έκτητο δε πεντηκοντόρους τε εκατόν», (ΙΙΙ, 60): «…δεύτερον δε περί λιμένα χώμα εν θαλάσση, βάθος και είκοσι οργυιέων. Μήκος δε του χώματος μέζον δύο σταδίων», τον Πλίνιο (ΗΝ 7.209), Θουκυδίδη (VIII, 79). Το λιμάνι αναφέρεται επίσης και στο Στράβωνα (Γεωγραφικά XIV.I, 14): «Από δε της Τρωγιλίου στάδιοι τετταράκοντα εις την Σάμον: βλέπει δε προς νότον και αυτή και ο λιμήν». Στον Ηρόδοτο (ΙΙΙ, 45) γίνεται επίσης λόγος για τα νεώρια του λιμανιού: «των δ’ υπ’ εωυτώ εόντων πολιητέων τά τέκνα και τας γυναίκας ο Πολυκράτης ες τους νεωσοίκους συνειλήσας είχε ετοίμους, ην άρα προδιδώσι ουτοι προς τους κατιόντας, υποπρησαι αυτοισι τοισι νεωσοικοισι.»
Ανασκαφικές εργασίες στο Πυθαγόρειο της Σάμου πραγματοποιήθηκαν σε μικρή κλίμακα από την Εφορεία Ενάλιων Αρχαιοτήτων το 1988 για τις ανάγκες των εργασιών συντήρησης του σύγχρονου λιμανιού και συνεχίστηκαν πιο συστηματικά για δύο ανασκαφικές περιόδους (1993- 1994).
Τα αρχαία κατάλοιπα εντοπίστηκαν κυρίως έξω από τη σύγχρονη λιμενολεκάνη. Εντούτοις στο νότιο τμήμα της εικάζεται πως σώζονται περιορισμένα ίχνη της αρχαίας οχύρωσης κάτω από τα κατάλοιπα των βυζαντινών εγκαταστάσεων.

Ο
κυματοθραύστης εντοπίστηκε στο εξωτερικό
της λιμενολεκάνης και των τειχών της πόλης,
νότια, στην εξωτερική πλευρά του σύγχρονου
μόλου με παράλληλη προς αυτόν χάραξη. Πρόκειται
για μια λίθινη κατασκευή από αργούς λίθους
και δομικό υλικό σε δεύτερη χρήση, μήκους
480 μέτρων. Το πλάτος της δεν κατέστη δυνατό
να προσδιοριστεί καθώς καλύπτεται από ιζήματα
και υλικά πεσμένα από το σύγχρονο μόλο. Η κατασκευή
αυτή βρίσκεται σήμερα εξολοκλήρου κάτω από
την επιφάνεια της θάλασσας σε βάθη από 2.75-3.20μ.
στο τμήμα κοντά στην ακτή, 4.43 στη εξωτερική
άκρη του κεντρικού τμήματος μέχρι το βάθος
των 14 μέτρων στο νότιο άκρο του. Στο σημείο
αυτό γυρίζει ελαφρά και χάνεται κάτω από τον
σύγχρονο μόλο. Αυτή η κατασκευή ταυτίστηκε
με το Πολυκράτειο ‘χώμα’, που κατασκευάστηκε
επί της τυραννίας του Πολυκράτη το 530 π.Χ.
Μια λιθορριπή, με υποθετικές διαστάσεις 170-190μ. μήκος, και 20μ. πλάτος, που αποκαλύφθηκε σε βάθος 2μ. κάτω από το σύγχρονο βόρειο λιμενοβραχίονα εικάζεται πως θα μπορούσε να αποτελεί την θεμελίωση του επιθαλάσσιου τείχους/ λιμενοβραχίονα, συνέχεια του χερσαίου με κατεύθυνση από Β προς Ν, το οποίο πρέπει να έκλεινε από τα ανατολικά τον πολεμικό λιμένα. Την υπόθεση αυτή ενίσχυσε η ανεύρεση αρχαίου οικοδομικού υλικού ενσωματωμένου στο λιμενοβραχίονα του 19ου αι.
Ο πολεμικός λιμένας κλεινόταν κατά την αρχαιότητα με επιθαλάσσιο τείχος το οποίο αποτελούσε συνέχεια του χερσαίου. Κατά τις ανασκαφές εντοπίστηκε σε βάθος 0.50μ. κάτω από την επιφάνεια της θάλασσας, στο ΝΑ τμήμα του μυχού του λιμανιού, τμήμα της συνέχειας του βυζαντινού τείχους. Διαπιστώθηκε ότι η θεμελίωση του τείχους εδράζεται στο γέμισμα της θεμελίωσης του αρχαίου. Αποκαλύφθηκε σε δύο τμήματα, το πρώτο αποτελείται από τρεις δόμους από ασβεστολιθικές λιθοπλίνθους μπατικές ή δρομικές πλάτους 4μ., το δεύτερο 1μ. κάτω από τη θεμελίωση του βυζαντινού τείχους σειρά 17 μπατικών ασβεστολιθικών λιθόπλινθων σε δύο δόμους, μήκους 13μ. Το δεύτερο τμήμα θεωρήθηκε ότι αποτελεί το εξωτερικό μέτωπο του αρχαίου επιθαλάσσιου τείχους που έκλεινε από νότο το αρχαίο πολεμικό λιμάνι.
Μέχρι στιγμής δεν έχουν εντοπιστεί κατάλοιπα των αρχαίων νεώσοικων του πολεμικού λιμανιού της Σάμου. Εντούτοις η ύπαρξη τους θεωρείται βέβαιη από τους ερευνητές καθώς υπάρχουν ρητές αναφορές στις αρχαίες πηγές αλλά και γιατί αποτελούν αναπόσπαστο τμήμα κάθε πολεμικού λιμένα, εξαιτίας της ανάγκης φύλαξης των ευπαθών αρχαίων πολεμικών πλοίων.
Τα κατάλοιπα που εντοπίστηκαν χρονολογήθηκαν αρχικά από κινητά ευρήματα από την αρχή της Ελληνιστικής περιόδου μέχρι την Ύστερη Αρχαιότητα. Στη συνέχεια υποστηρίχθηκε (Ageliki Simossi, Le port de guerre de Thasos, D.E.A., Aix-En Provence, 1993), ότι πρόκειται για τον μόλο του Πολυκράτη του 6ου αι. π.Χ. Η λιθορριπή και τα κατάλοιπα της θεμελίωσης τείχους στη ΝΑ πλευρά δεν απέδωσαν κινητά ευρήματα που να μπορούν να χρονολογήσουν με ασφάλεια τις κατασκευές.
Στόχος της έρευνας, η οποία δεν έχει ολοκληρωθεί ακόμα, είναι ο εντοπισμός των αρχαϊκών λιμενικών εγκαταστάσεων, του Πολυκράτειου λιμανιού, ένα από τα πιο σημαντικά της ελληνικής αρχαιότητας. Εξαιτίας των εκτεταμένων παρεμβάσεων στο χώρο σε διάφορες περιόδους η τοπογραφία του χώρου έχει αλλοιωθεί σημαντικά. Οι αποκαταστάσεις που έχουν προταθεί κατά καιρούς από τους ερευνητές (Kienast, J.H., 1978, Toelle, R., 1976) βασίζονται κυρίως στις αρχαίες πηγές και στο σχέδιο των μεταγενέστερων οχυρώσεων με βάση την υπόθεση ότι αυτές ακολουθούν την πορεία των αρχαίων. Η συνέχιση της έρευνας αναμένεται να βοηθήσει στην κατανόηση των υπαρχόντων καταλοίπων και να φέρει στο φως νέα που θα συμπληρώσουν την τοπογραφία του λιμανιού.
ÎεοδοÏÎ»Î¿Ï Î. / Theodoulou, Th.
Ζαφειροπούλου, Φ., 1987
Σάμος, Αθήνα.
(Zafiropoulou, F., 1987, Samos, Athens)
Jantsen, U. 1968
"Samos 1967", Arch.Anz. 21B, pp.148-151.
Jantsen, U. 1970
"Samos, Forschungen in der Stadt Samos (1965-68)." Archaiologikon Deltion, 24: 372 6.
Kienast, J.H., 1978
"Die Stadtmauer von Samos", Samos XV, Bonn. s.36-38.
Simossi A. 1988
"Underwater excavation research in the ancient harbor of Samos: September – October 1988", I.J.N.A. 20.4, pp.281-298.
Simossi A. 1993
”Σάμος, Αρχαίο λιμάνι Σάμου (δεύτερη περίοδος ανασκαφικής έρευνας)”, Αρχαιολογικόν Δελτίον 48 [1998] Χρονικά Β΄2 σελ. 592-595.
(1993, Samos, "Ancient port of Samos" (deuteri periodos anaskafikes ereunas), A.D. 48 [1998], Chronika B 2 pp. 592-595.)
Simossi A. 1994
”Σάμος, Πυθαγόρειο”, Αρχαιολογικόν Δελτίον 49 [1999], Χρονικά Β΄2 σελ. 858-862.
(1994, "Samos, Pythagorion", A.D. 49 [1999], Chronika B 2, pp. 858-862.)
Stillwell, R. (ed.), 1976
The Princeton encyclopedia of classical sites, pp.802-803.
Toelle, R., 1969
Die antike Stadt Samos, Mainz.
Toelle, R., 1976
"Mole und Hafen" στο Herodot und Samos.